Prototipni superračunalnik

14. 04. 2020 ob 11:04 Univerza v Mariboru pomaga pri iskanju zdravila za covid-19 Ključne besede: Univerza, Maribor, računalnik Raziskovalci Univerze v Mariboru v okviru svetovnega projekta Folding@home s prototipnim superračunalnikom proučujejo oblikovanje beljakovin in njihov vpliv na bolezni z uporabo najnaprednejših simulacijskih modelov in računskih tehnik porazdeljenega računalništva. Protitelesa, ki bi jih lahko našli, lahko pomagajo tudi pri zdravljenju covida-19. Vse od izbruha pandemije novega koronavirusa poteka še posebej intenzivno iskanje protiteles za zdravljenje tega virusnega obolenja. V te napore je s svojo infrastrukturo vključeno tudi Slovensko nacionalno superračunalniško omrežje (Sling), so sporočili z univerze. Poleg superračunalnikov na Institutu Jožef Stefan ter v Akademski in raziskovalni mreži Slovenije - Arnes je po njihovih navedbah bistven tudi prispevek superračunalnikov konzorcija HPC RIVR na novomeški Fakulteti za informacijske študije in Univerzi v Mariboru, kjer največji javni prototipni superračunalnik HPC Maister k projektu prispeva 3000 računskih jeder. Sling je med 2000 najaktivnejšimi skupinami od skupno 250.000 trenutno sodelujočih v projektu, ki skupaj zagotavljajo na okoli milijon povezanih računalnikih skupno računsko zmogljivost okoli 1,2 eksaflopsa ali 1,2 milijarde milijard računskih operacij na sekundo. "Rezultati računalniških simulacij pomagajo znanstvenikom bolje razumeti vedenje različnih oblik beljakovin in s tem omogočajo hitrejše določanje njihove potrebne specifične oblike za uspešno zdravljenje številnih bolezni. V tem času je to še posebej pomembno pri iskanju protiteles za zdravljenje covida-19," so zapisali na univerzi. Kot so pojasnili, je mogoče z razumevanjem oblikovanja beljakovin postopek zavzemanja določene oblike beljakovine v laboratorijih bistveno pohitriti in zagotoviti njegovo uspešnost. V zadnjih desetletjih v te namene uporabljajo zahtevne matematične modele in računalniške simulacije, s katerimi napovedujejo delovanje različnih oblik beljakovin. "Pri tem je treba računsko preizkusiti veliko število različnih oblik beljakovinskih verig in njihovih variacij, za kar potrebujemo veliko računsko moč. Projekt Folding@home omogoča, da se to opravilo deli med številnimi razpoložljivimi računalniki različne konfiguracije po svetu, ki so povezani v računalniško omrežje," so dodali. Po besedah prorektorja za raziskovalno dejavnost na Univerzi v Mariboru Zorana Rena verjamejo, da bodo z združeno uporabo svetovnih superračunalniških zmogljivosti za izvajanje zahtevnih računalniških simulacij bistveno prispevali k hitrejšemu iskanju učinkovitih zdravil tako za covid-19 kot tudi za druga obolenja, ki jih lahko zdravimo z beljakovinskimi protitelesi.